Знаменитое мусульманское учебное заведение Оренбурга начало работу 13 января (1 января по старому стилю) 1891 года.
Медресе открылось на деньги оренбургского купца первой гильдии Ахмета Хусаинова. Вместе с братьями Махмудом и Абдулгани Ахмет Хусаинов занимался благотворительной поддержкой образования мусульманской молодежи.
Первоначально медресе представляло собой училище-интернат в небольшом доме, рассчитанном максимум на 50 человек. Со временем количество учащихся росло. В связи с этим в 1905 году построили трехэтажный корпус с центральным отоплением и электрическим освещением. В нем оборудовали учебные классы, интернат, библиотеку и столовую. Это здание находится по адресу переулок Мало-Торговый, 2.
В медресе изучали как традиционные, так и светские предметы. В число первых входили арабский язык, история и богословие ислама, ко вторым относились естественные науки, русский и старотюркский языки, география, арифметика, педагогика, история и счетоводство. С 1906 года учебное заведение начало подготовку педагогических кадров из числа татар и башкир.
В 1919 году медресе преобразовали сначала в Оренбургскую татарскую учительскую семинарию, а затем в Восточный институт народного образования, который в 1921 году переименовали в Татарский институт народного образования. Одним из самых известных выпускников института был Герой Советского Союза, татарский поэт Муса Джалиль.
В здании бывшего медресе на протяжении советского периода находились учебные заведения. Оно оставалось корпусом Оренбургского государственного аграрного университета до 2024 года.
